克州气象局管理体制从1955—1971年经历了由气象部门到地方政府管理、再到气象部门领导为主的双重领导体制的演变；1971—1974年实行军队和地方同级革命委员会领导，业务受上级气象部门指导。1974年3月成立克州气象局，实行以气象部门为主、气象部门和地方政府双重领导的管理体制。
克州气象局党组新一届班子2007年11月组建，现有成员4名，其中党组书记、局长一名，班子其他成员3名。
克州气象局下辖4个县（市）气象局，4个国家气象观测站。其中，国家基本气象站3个（阿图什、阿合奇、乌恰），国家一般气象站1个（阿克陶）。4个气象站的资料参加国内交换。共有两个艰苦气象站（乌恰为国家二类艰苦气象站，阿合奇为国家三类艰苦气象站）。2009年建成5个区域自动气象站。2010年7月建成了空间天气监测——电离层测高仪站。局机关内设5个科室（办公室、业务科、计划财务科、法规科、人事科），3个直属事业单位（气象台、科技服务中心、后勤中心）
主要开展的业务有：基础测报业务、预报服务、防灾减灾、防雷减灾、人工影响天气等。
地面测报业务已从过去简单的人工观测发展到现在的人工和自动化相结合的综合观测体系。
预报服务业务从初期单纯的天气图加经验的定性预报，逐步发展为采用气象雷达、卫星云图、并行计算机系统等先进工具制作的客观定量定点天气预报。
气象服务主要有公众气象服务、决策气象服务、专业气象服务和气象防灾减灾服务四大类。气象服务的主要内容有天气预报(特别是灾害性、关键性天气预报服务)、气候分析，气象资料和情报等。
公众气象服务主要是通过广播、电视、报社、12121声讯电话、网络面向社会公众发布天气预报，指导公众防灾减灾。
决策气象服务主要是为党政领导当好参谋，为农牧业生产和指挥防汛抗旱等重要决策提供科学依据。服务的手段和内容主要有天气预报、情报、气候分析、人工影响天气等。
人工影响天气技术由过去单一依靠人工观测云层、采用“土火箭”发射碘化银作业，发展到利用气象卫星、多普勒天气雷达等先进探测手段，形成与车载式火箭、“三七”高炮作业相结合的新局面。
全州气象部门现有编制（2001年定编）81人。截至2010年8月全州气象系统共有职工120人，其中在职在编人数为79人，（不在编制3人，2009年分配的大专生）离退休人员38人。由维吾尔、汉、柯尔克孜、回、土家族、哈萨克族6个民族组成。本科学历19人，大专学历33人；高级工程师1人，工程师34人，助理工程师38人。中共党员23人。
在历届党组的正确领导和广大干部职工的共同努力下，克州气象局先后取得以下荣誉：1961年克州气象台被新疆维吾尔自治区农牧战线群英会授予“先进集体”。
1990年克州气象局被国家民委授予“全国民族团结先进集体”。
1991年克州气象局被自治区党委、人民政府授予“民族团结先进集体”。
2001年克州气象局被命名为自治区级文明单位。
2004年克州气象系统被命名为自治州级文明行业。
1995—2009年先后被评为阿图什市“社会治安综合治理甲级单位”、“计划生育合格单位”、社会治安综合治理“安全文明单位”、“卫生红旗单位”。
在参与上级和地方组织的文体活动中多次获奖。2006年参加全疆气象部门南疆片文艺汇演获三等奖和优秀组织奖，同年9月参加全疆气象系统老年乒乓球比赛获三等奖；2010年3月参加克州农业系统组织的若鲁孜节文艺汇演获一等奖。
